宁波港是我国国际集装箱运输的干线港，又是上海国际航运中心的重要一员。根据国家规划，上海国际航运中心由洋山港与长江沿岸港口和宁波港三者组成，功能互补，是上海国际航运中心的“中心两翼”。然而由于杭州湾的阻隔，宁波港与上海港、太仓港交通不便，不利于三港优势叠加和功能互补。
大桥建成后，杭州湾南岸的宁波、绍兴和台州等地到上海港、洋山港的距离均有不同程度缩短。宁波市港口局副局长孙时光表示，杭州湾跨海大桥的贯通，对宁波港口来讲，既是机遇也是挑战。孙时光认为，从长远看，宁波港和上海港优势互补各呈所长。现宁波港有80多条国际航线，上海港有120多条国际航线。杭州湾大桥的贯通，环杭州湾及周边地区的出口企业，也有了更多的国际航线和更便捷运输路线的选择余地。
据介绍，以往温州、台州一带到上海的货物，基本通过杭州线路运达。杭州湾大桥建成后，每标箱经由杭州湾大桥要比走沪杭高速节省运费1500元左右。另一方面，苏南和浙北地区的货物流向也可能发生变化。杭州湾大桥建成后，苏南到宁波北仑港的运输距离也相应缩短了120公里，使这些地区的货物进出口增加了一个与上海港相类似的口岸。
而与大上海隔海相望的宁波港与舟山港，通过杭州湾跨海大桥与上海的芦潮港相通，再通过上海东海大桥与大小洋山港相连，串起了中国长江出海口江海连运“T”字型的黄金海岸。有数据显示，2006年，上海港实现吞吐量4.7亿吨、集装箱2171万标箱；宁波-舟山港总吞吐量4.2亿吨、集装箱712万标箱。从港口吞吐量规模而言，上海港、宁波-舟山港已分别位居全球第一和第三的位置。据介绍，现舟山港-宁波港-杭州湾跨海大桥-芦潮港-东海大桥-大小洋山港，已成为中国乃至世界上最大的港口群。而杭州湾跨海大桥则处在一线牵两岸的关键环节。
